První zmínka o kapli v Rakvicích pochází z listiny ze dne 16. listopadu 1368, kde papež Urban V. uděluje kapli sv. Ondřeje v Rakvicích plnomocné odpustky. V této listině je také zmíněno, že kapli nechal postavit český král Jan Lucemburský. Kaple sv. Ondřeje tak byla vystavěna někdy mezi lety 1310 a 1346.

Bohužel v Rakvicích stále nebyl hřbitov a muselo se pohřbívat v sousedním Podivíně. Problémem byla opět špatně schůdná cesta, mnohdy tak nebyli mrtví pohřbíváni několik dnů. Až dne 30. května 1487 požádali rakvičtí občané, v čele s rychtářem Lukášem Schramem a konšely Petrem Dulderem a Kašparem Czarrem, olomouckého biskupa o vytvoření hřbitova u kaple sv. Ondřeje a také o zřízení samostatné farnosti. Povolení zbudovat hřbitov a zřídit samostatnou farnost vydal olomoucký biskup Stanislav I. Thurzo až v roce 1498.

Samostatná farnost v Rakvicích oficiálně vznikla až 10. ledna 1503, kdy olomoucký biskup Stanislav I. Thurzo se souhlasem podivínského prebendáře Jana Blaudera povýšil kapli sv. Ondřeje na farní kostel. Tentýž rok ještě stejný olomoucký biskup jmenoval farářem v Rakvicích Martina Kirchmayera z frýsinské diecéze. Roku 1513 byl v kostele zřízen oltář Nanebevzetí Panny Marie a sv. Jakuba Většího.

Dne 16. července 1605 byly Rakvice vypáleny vojskem pod vedením Štěpána Bočkaje. Kaple sv. Ondřeje byla pobořena, zůstala jen věž a holé zdi. Kdy byl z těchto trosek kostel obnoven a zasvěcen sv. Janu Křtiteli není známo. První zmínka o obnoveném kostele je až z roku 1692. Ve věži byl 5 centů těžký zvon ulitý asi v roce 1668, který daroval Václav Bartodějský z Bartoděj. Lze tedy předpokládat, že kostel byl obnoven někdy mezi lety 1668 a 1692.

V roce 1783 byl zrušen hřbitov u kostela a zřízen nový na dnešním místě. Kostel sv. Jana Křtitele brzy začal nedostačovat potřebám místní farnosti, a tak už v roce 1817 založili občané Jiří Foukal a Jakub Korčák fond na rozšíření kostela, do kterého vložili 2226 zl. Už v roce 1823 byl vypracován plán na rozšíření kostela. Tento plánek se dochoval do dnes a zobrazuje návrh rozšíření kostela, ale i půdorys kostela v tehdejší podobě. Roku 1874 byla nově zastřešena věž kostela, báně byla pozlacena a opatřena železným křížem.

K rozšíření kostela došlo až v roce 1875. Bylo zbořeno původní kněžiště v amorfním tvaru, loď byla prodloužena východním směrem a bylo vybudováno nové kněžiště včetně přilehlé sakristie. V celé délce lodi byla prolomena okna jednotného tvaru a také byla postavena hudební kruchta. Na rozšíření kostela značně přispěl kníže Jan II. z Lichtenštejna.

Krypta pod kostelem sv. Jana Křtitele

Někteří z vás možná neví, že pod kostelem sv. Jana Křtitele v Rakvicích se nachází starodávná krypta. Kdy přesně byla vybudována není známo, pravděpodobně pochází ještě z dob původní kaple sv. Ondřeje. V této kryptě mohlo být pohřbeno i několik významných občanů Rakvic. Dále krypta mohla sloužit jako úkryt pro cennosti v době válek, též mohla být napojená na tajné habánské podzemní chodby. Za dobu její existence již byla několikrát otevřena, podle farní kroniky víme, že k otevření krypty došlo v roce 1870 a naposledy v roce 1966 o čemž svědčí zápis:

„Rok 1966: Byla též otevřena stará hrobka nacházející se na místě bývalé kaple, nebyla otevřena od roku 1870. Našli se tam pouze zbytky rakví, šatstva, jinak všechno zvetšelé a v rozpadu.“